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財政部稅捐機關99年度選案查核重點出爐，99年度首度將「輔導營業人誠實報繳營業稅」列為作業重點，並採「先輔導後查核」的方式，選案參數2月底資料就會出爐，3月1日至31日先由國稅局內部處理，4月1日至6月30日進行輔導，希望透過輔導開店商家業者自動誠實報繳稅。

國稅局運用營業稅、營利事業所得稅、綜合所得稅，以及跨機關等資料，透過電腦交叉比對財稅資料後，常發見的違漏稅型態有：
1.營業人以不實進項憑證申報扣抵營業稅、
2.進項稅額鉅增但營利事業所得稅申報淨利率偏低、
3.營利事業所得稅申報書的存貨金額與營業稅留抵稅額相差過大。

國稅局99年度查核重點是特別鎖定拿個人消費發票報公司帳抵稅的案件，例如最常見情形是把個人或家庭開銷統一發票，打上公司統一編號，用來抵扣營業稅或營所稅。 另外99年度國稅局也將覈實查定，過去營業額未達20萬，免開統一發票的小額開店商家營業人，反映真實的營業額，一旦發現開店商家營業額超過20萬，就會輔導開店商家改為開立統一發票 。

國稅局提醒開店商家業者，如果開店商家接獲國稅局輔導通知，要儘速檢視有無違反稅法規定，只要在99年6月底之前向所轄稅捐相關機官自動補報、補繳所漏稅款，在沒被人檢舉且國稅局也還沒發函調查前，自動補報補繳，依稅捐稽徵法是免罰。6月30日過後查獲逃漏稅者，除要補稅外還有懲處。

加值型及非加值型營業稅法 第51條
納稅義務人，有左列情形之一者，除追繳稅款外，按所漏稅額處一倍至十倍罰鍰，並得停止其營業：
一、未依規定申請營業登記而營業者。
二、逾規定期限三十日未申報銷售額或統一發票明細表，亦未按應納稅額繳納營業稅者。
三、短報或漏報銷售額者。
四、申請註銷登記後，或經主管稽徵機關依本法規定停止其營業後，仍繼續營業者。
五、虛報進項稅額者。
六、逾規定期限三十日未依第三十六條第一項規定繳納營業稅者。
七、其他有漏稅事實者。

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