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中小企業發展條例第35條

為促進中小企業研發創新，中小企業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限；一經擇定，不得變更：
一、於支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
二、於支出金額百分之十限度內，抵減自當年度起三年內各年度應納營利事業所得稅額。
供研究發展、實驗或品質檢驗用之儀器設備，其耐用年數在二年以上者，准按所得稅法固定資產耐用年數表所載年數，縮短二分之一計算折舊；縮短後餘數不滿一年者，不予計算。
第一項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由行政院定之。

中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法第2條

本辦法所稱研究發展，指中小企業自行以科學方法或技術手段從事具備一 定創新程度之產品、技術、勞務、服務流程或創作之創新活動。

中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法第3條
前條所定研究發展，限於中小企業研究發展單位所從事之下列活動態樣： 一、為開發或設計新產品、新服務或新創作之生產程序、服務流程或系統 及其原型所從事之研究發展活動。 二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。 前項所定活動態樣，不含為改進現有產品或服務之生產程序、服務流程或 系統及現有原料、材料或零組件所從事之研究發展活動。

中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法第4條
依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之中小企業，應符合下列資格條件：
 一、依法辦理公司登記並合於中小企業認定標準第二條所定基準之事業。 
二、最近三年未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大 。

中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法第5條
本辦法所稱研究發展之支出，指中小企業研究發展單位從事第二條研究發展活動所支出之下列費用：
一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。
二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供其研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。
三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。
前項第三款之專用技術及第四款事項，應由中央目的事業主管機關專案認定。
第一項所稱中小企業研究發展單位，指專責從事研究發展活動之單位。
中小企業未設置研究發展單位，其配置於非屬研究發展單位之全職研究發展人員確有從事研究發展活動，且其投入研究發展活動之各項支出可與非研究發展活動明確區分者，應就第一項支出，檢附下列文件，依第十三條
第一項規定由中小企業之公司登記所在地之稅捐稽徵機關核實認定其研究
發展支出及核定其投資抵減稅額：
一、第一項第一款人員工作內容、工作活動紀錄、工作時間紀錄與足資證明為符合專門從事研究發展工作全職人員之文件。
二、第一項第二款至第四款購置目的、內容及足資證明專為研究發展用途之文件。

中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法第6條
中小企業從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究
發展支出。但個別研究發展計畫部分有委外必要者，其下列委外研究發展
費用，不在此限：
一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研
究機構研究人員之費用。
二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研
究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
三、委託經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費
用。
前項第一款所定研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生福利主管機關
評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人
、社團法人及其所屬研究機構。
第一項第三款經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事
研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。
中小企業與國內、外公司共同研究發展所為之支出，符合本辦法之規定者
，中小企業得檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定，核
實認列其研究發展支出：
一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件
。
二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之
共同研究發展合約。
三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當
之證明文件。
四、與國外公司共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說
明或文件。

有部分公司未依規定向主管機關申請認定當年度研發活動，或申請認定研發活動金額與結算申報適用投資抵減支出金額不一致，或嗣後全部或部分撤回原申請認定研發活動，因其結算申報時已抵減當年度應納營利事業所得稅，造成短繳稅款補徵稅款情形，補徵稅款並依所得稅法第100條之2規定加計利息。

公司申請適用產業創新條例研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內（以會計年度採歷年制之公司為例，應於2月至5月提出）填寫結算申報書租稅減免部分第10-1頁「依產業創新條例申報減免稅額通報單」及第15-2頁「產業創新條例研究發展支出適用投資抵減明細表」，檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請認定當年度研究發展活動，始符合適用租稅優惠之資格。

阿甘創業加盟網提醒開店商家經營業者特別是連鎖加盟業業者，注意申請適用租稅獎勵之程序要件，且應於102年5月31日以前向中央目的事業主管機關提出申請，以符合獎勵要件。

 近年來，隨著兩岸經濟的快速發展，加盟連鎖業到大陸開加盟連鎖店設中央工廠的情形已是非常普遍，加盟連鎖業業者如果將已申請抵減所得稅之機器設備，在交貨之次日起3年內，移轉給大陸子公司使用者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自各抵減年度所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依中華郵政1年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。

阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家經營業者特別是連鎖加盟業者，移轉給大陸子公司使用者情形包括有轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、失竊、報廢、經他人依法收回、與他人交換或其他無法供自行使用之情形。