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所得稅法第39條
以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會 計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書 或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年 內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。 本法中華民國九十八年一月六日修正之條文施行前，符合前項但書規定之 公司組織營利事業，經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完畢 者，於修正施行後，適用修正後之規定。

所得稅法第42條
公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或 盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第六十六條之三規定 ，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。 教育、文化、公益、慈善機關或團體，有前項規定之股利淨額或盈餘淨額 者，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，不得扣抵其應納所得稅額，並不 得申請退還。

營利事業所得稅查核準則第99條 

投資損失：
一、投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並 未折減者，不予認定。
二、投資損失應有被投資事業之減資彌補虧損、合併、破產或清算證明文件。被投資事業在國外者，應有我國駐外使領館、商務代表或外貿機  關之驗證或證明；在大陸地區者，應有行政院大陸委員會委託處理臺灣地區與大陸地區人民往來有關事務之機構或團體之證明。
三、因被投資事業減資彌補虧損而發生投資損失，其需經主管機關核准者，以主管機關核准後股東會決議減資之基準日為準；其無需經主管機關核准者，以股東會決議減資之基準日為準。
四、因被投資事業合併而發生投資損失，以合併基準日為準。
五、因被投資事業破產而發生投資損失，以法院破產終結裁定日為準。
六、因被投資事業清算而發生投資損失，以清算人依法辦理清算完結，結算表冊等經股東或股東會承認之日為準。
七、公司依廢止前促進產業升級條例第十二條規定提列之國外投資損失準備，自提列年度起五年內若無實際投資損失發生時，應將提列之準備轉作第五年度之收益課稅。
八、營利事業因解散、撤銷、廢止或轉讓，依所得稅法規定計算清算所得時，其國外投資損失準備餘額有累積餘額，應轉作當年度之收益課稅  。

依據財政部函釋規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將本年度純益額中扣除前10年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除後，再行核課。

阿甘創業加盟網提醒開店商家經營業者特別是連鎖加盟業者，注意前揭規定，以維護自身權益。

有一公司在96年與持有其100﹪股權的乙公司合併，甲公司為存續公司，乙公司為消滅公司。甲公司96年度營利事業所得稅結算申報，列報前5年核定虧損本年度扣除額6千萬元（含乙公司之95年度結算虧損1千萬元及96年度決算虧損5千萬元）。其中乙公司96年度決算虧損，依法，自虧損發生次一年度起5年內，從合併後存續或新設公司當年度純益額中扣除。 國稅局核定甲公司應於次一年度（即97年度）始可列報，核定前5年虧損扣除額1千萬元。 

阿甘創業加盟網提醒開店商家經營業者特別是連鎖加盟業者， 如有合併應注意消滅公司決算虧損的扣抵期間，以免被國稅局剔除影響自身權益。