依據財政部函釋規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將本年度純益額中扣除前10年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除後，再行核課。
法律法規相關規定
所得稅法第39條
以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
本法中華民國九十八年一月六日修正之條文施行前，符合前項但書規定之公司組織營利事業，經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完畢者，於修正施行後，適用修正後之規定。
所得稅法第42條
公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第六十六條之三規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。
教育、文化、公益、慈善機關或團體，有前項規定之股利淨額或盈餘淨額者，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，不得扣抵其應納所得稅額，並不得申請退還。
以下資料來源:行政院財政部新聞稿
公司適用盈虧互抵規定，虧損年度之投資收益應先行抵減核定虧損後，再以餘額自本年度純益額中扣除。
財政部臺灣省中區國稅局表示：公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。
該局說明，依據財政部函釋規定，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前10年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
例如某公司組織之營利事業99年度獲配不計入所得額課稅之股利淨額1,000萬元，該年度經稽徵機關核定虧損為1,200萬元，其100年度純益額為2,000萬元，則依所得稅法第39條規定，自100年度純益額中扣除99年度核定虧損時，應將上述不計入所得額課稅之股利淨額1,000萬元，自該年度核定虧損1,200萬元中抵減後，再以其虧損之餘額200萬元，自100年度純益額2,000萬元中扣除。
該局呼籲，公司適用盈虧互抵規定，應將虧損年度不計入所得額課稅之股利淨額先行抵減核定虧損後，再以餘額自本年度純益額中扣除，以免遭稽徵機關調整補稅及加計利息。
以上資料來源:行政院財政部新聞稿
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