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為鼓勵開店商家從查定計算營業稅額轉變成開立發票商家，開店商家在申請改用統一發票前，如有尚未扣減完的進項稅額，仍可在改用統一發票後，扣抵應納稅款。

查定計算營業稅額的開店商家，購買營業上使用的貨物或勞務，取得 統一發票（載有營業稅額憑證），並依規定申報者，稽徵機關應按其進項稅額10%，在查定稅額內扣減。但查定稅額未達起徵點的開店 商家，不適用之。依規定，進項憑證應分別在1月、4月、7月、10月的5日前 ，向主管稽徵機關申報並以當期各月分進項憑證為限，逾期發票不得再申報。

以下新聞資料來源： 財政部臺灣省北區國稅局

財政部臺灣省北區國稅局表示，近來屢屢接獲納稅義務人來電詢問小規模查定計算營業稅額之營業人，申請變更為使用發票營業人，原屬小規模營業人之進項稅額可否留抵？

該局說明，查定計算營業稅額之營業人，購買營業上使用之貨物或勞務，取得載有營業稅額之憑證（統一發票），並依規定申報者，主管稽徵機關應按其進項稅額10﹪，在查定稅額內扣減。但查定稅額未達起徵點者，不適用之。其進項憑證應分別於1月、4月、7月、10月之5日前，向主管稽徵機關申報並以當期各月分之進項憑證為限，逾期之發票不得再申報。例如：99年7-9月進貨取得之發票應於99年10月5日前申報扣減。

該局進一步說明，小規模營業人申請按營業稅法第4章第1節規定計算營業稅額者，應依同法第35條規定申報繳納，且經核准後3年內不得申請變更。所以小規模營業人申請變更為使用發票之營業人，其於變更課稅方式前，得繼續扣減之進項稅額，可扣減變更課稅方式後之應納稅額。另該局並鼓勵具營業規模之小規模營業人向稽徵機關申請為使用發票營業人，不僅可健全會計制度，更能提升管理層次。