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營利事業所得稅查核準則第2條

營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令規定辦理。
營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則、財務會計準則公報、金融監督管理委員會認可之國際財務報導準則、國際會計準則、解釋及解釋公告（以下簡稱國際財務報導準則）等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、廢止前促進產業升級條例、廢止前促進產業升級條例施行細則、產業創新條例、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、適用所得稅協定查核準則、營利事業適用所得稅法第二十四條之四計算營利事業所得額實施辦法、營利事業對關係人負債之利息支出不得列為費用或損失查核辦法、本準則及有關法令規定未符者，應於申報書內自行調整之。
營利事業申報之所得額達各該業所得額標準，經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額者，或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點規定辦理。

97年大法官970403釋字第640號8 6.5.23查核要點第7點違憲解釋文

中華民國五十二年一月二十九日修正公布之所得稅法第八十條第三項前段所定，納稅義務人申報之所得額如在稽徵機關依同條第二項核定各該業所得額之標準以上者，即以其原申報額為準，係指以原申報資料作為進行書面審查所得額之基準，稽徵機關自不得逕以命令另訂查核程序，調閱帳簿、文據及有關資料，調查核定之。
財政部臺灣省北區國稅局於八十六年五月二十三日訂定之財政部臺灣省北區國稅局書面審核綜合所得稅執行業務者及補習班幼稚園托兒所簡化查核要點笫七點:「適用書面審查案件每年得抽查百分之十，並就其帳簿文據等有關資料查核認定之。」對申報之所得額在主管機關核定之各該業所得額之標準以上者，仍可實施抽查，再予個別查核認定，與所得稅法第八十條第三項前段規定顯不相符，增加人民法律所未規定之租稅程序上負擔，自有違憲法第十九條租稅法律主義，應自本解釋公布之日起至遲一年內失效。本院釋字第二四七號解釋應予補充。

坊間有部份代客記帳業者將營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點誤解或故意曲解為財政部為獎勵中小企業給予的租稅優惠，而教以下列公式計算營業事業之所得稅：
營業收入淨額 x 財政部頒定標準(例如6%) x 25% -10,000 = 營業事業所得稅

這狀況經97年大法官970403釋字第640號後已有所改變，立法院亦在98年5月1日三讀修正所得稅法第80條第3項規定為，納稅義務人申報之所得額如在前項規定標準以上，即以其原申報額為準。但如經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額之情事，或申報之所得額不及前項規定標準者，得再個別調查核定之。

阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是加盟連鎖經營業者，稅捐的核課期間原則上為5年，且以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者，其核課期間為7年切勿因小失大。

擴大書面審核稅法上應知知識案例:

營利事業如採擴大書面審核方式申報時，請務必留意下列事項：

一、申報正確的行業代號：營利事業經營兩種以上行業者，應以主要業別（收入較高者）之純益率標準計算；申報之行業代號若與原設立登記之營業項目不符或有變更，請儘速辦理變更登記，避免電腦核定產生異常被列為查核對象。

二、當年度若有出售房屋之交易增益，應單獨計算屬出售房屋之損益，不可按書審純益率核算所得。

三、經營零售業務之營利事業經核定使用收銀機開立統一發票，當年度如經查獲短、漏開發票或短、漏報營業收入情事者，則無前揭要點純益率標準降低1%的適用。

阿甘創業加盟網提醒創業者、開店商家特別是加盟連鎖經營業者，要在結算申報截止日前繳清稅款（獨資合夥組織案件因無須計算及繳納應納稅款，請於期限內申報），才可適用擴大書面審核，以年度結算申報期間為例，營利事業務必於5月31日前繳清稅款，6月1日繳納雖不需繳交滯納金，但就無法適用擴大書面審核了。